En 1798, 46 élèves et anciens élèves et 10 enseignants accompagnent Bonaparte lors de son expédition en Égypte. Ce dernier décide en 1802 que « les mémoires, plans, dessins et généralement tous les résultats relatifs aux sciences et aux arts obtenus pendant l’expédition d’Égypte, seront publiés aux frais du gouvernement ». L’entreprise est confiée à quelques hommes qui formeront la « Commission d’Égypte ». Le « Grand ouvrage sur l’Égypte » prend son titre véritable en 1810 : Description de l’Égypte, ou Recueil des observations et des recherches qui ont été faites en Égypte pendant l’expédition de l’armée française, publié par les ordres de S.M. Napoléon le Grand. Divisé en trois parties : Antiquités, État moderne, Histoire naturelle, l’ouvrage comprend 10 volumes de textes dus à 43 auteurs et illustrés de 841 planches en noir et en couleurs. Les collections patrimoniales de l’École comptent une édition originale de cet ouvrage, offerte par Napoléon lors de sa visite à l’École en 1815.