En 1804, à cause de l’indiscipline des élèves, Napoléon donne à l’École son statut militaire et encaserne les élèves. L’École s’installe alors dans l’ancien collège de Navarre, sur montagne Sainte-Geneviève, et se dote d’un drapeau et d’une devise : « Pour la Patrie, les Sciences et la Gloire ».