En 1804, le bataillon de l’École polytechnique reçoit son premier drapeau des mains de Napoléon. Il porte la devise qui vient d’être donnée à l’École : Pour la Patrie, les Sciences et la Gloire ». En 1814, les élèves participent à la bataille de Paris avec l’armée française face aux troupes de la coalition et, suite à la défaite de Napoléon et à la Restauration, ils brûlent leur drapeau dans la cour de l’École. Quatre-vingt-sept ans plus tard, en 1901, le président de la République Émile Loubet, remet à l’élève Japiot, major de promotion, le deuxième drapeau de l’École brodé de la devise et de l’inscription « Défense de Paris, 1814 ». Le drapeau de l’École porte les insignes de la croix de la Légion d’honneur depuis 1914, la croix de guerre 1914-1918 depuis 1922 ainsi que la croix de guerre 1939-1945 depuis 1949.